Penyelenggaraan Otonomi Daerah dalam rangka desentralisasi merupakan suatu pekerjaan yang kompleks dan berkesinambungan. Pada taha awal desentralisasi, dilakukan transfer berbagai jenis kewenangan dari Pemerintah Pusat ke berbagai Institusi, terutama institusi Pemerintah subnasional. Setelah transfer kewenangan akan diikutin dengan transfer pembiayaan, dokumendokumen serta sarana dan prasarana. Setelah tahap-tahap tersebut selesai, bukan berarti pekerjaan itu beres, justru muncul serangkaian tantangan baru berkaitan dengan kemampuan dari institusi yang memperoleh transfer kewenangan untuk mengelolannya secara baik dan benar.
Apabila sampai saat ini banyak Daerah Otonomi tidak mengalami kemajuan, bahkan menjadi sangat tergantung pada pemerintah pusat, tentu ada penyebab utamanya (kausa prima). Salah satu yang utama atau terutama adalah kemampuan manajerial dari kesatuan masyarakat hukum tersebut--termasuk pememampuan daerahnya-- untuk menggunakan hak dan menjalankan kewenangannya. Hal ini sejalan dengan pemikiran Osborne dan Gaebler (1992) yang mengatakan bahwa, "Persoalan utama yang dihadapi oleh pemerintah dewasa ini bukan terletak pada apa yang dikerjakan, tetapi terletak pada bagaimana mengerjakannya."
